超凈臺的尺寸將取決于工件的大小和配置以及待完成工作的性質。此外，操作員是否坐著或站立將影響所選的桌子高度。

為了盡量減少超凈臺內的湍流，應該放置物體，使**小的橫截面垂直于氣流，同時盡可能多地在空氣中流動空氣。如果風道足夠長，清潔的空氣將根據物體的大小重新獲得均勻的氣流。一般來說，當清潔的空氣在物體的兩側行進時，空氣將以物體寬度的三倍的距離重新獲得單向流動。如果清潔空氣只能進入物體的一側，則該距離會增加到物體厚度的六倍。

超凈工作臺的尺寸范圍從緊湊型臺式到大型機柜。尺寸從2英尺到10英尺寬，工作區高度從22英寸到46英寸，凈化工作臺深度可達48英寸。

由于過濾器位于裝置后面，而不是像垂直流動柜那樣位于頂部，因此水平流動超凈工作臺占據更多的地面空間。